Электропоезд построен в восьмивагонной составности в сентябре 2006 года.

С завода поступил в депо Данилов Северной ж.д.

В июне 2010 года моторные вагоны электропоезда были использованы Ярославским ЭРЗ для постройки электромотрис АЯ4Д:
04 - АЯ4Д-001
06 - АЯ4Д-002
02 - АЯ4Д-003
10 - АЯ4Д-004

Головные (01,09) и прицепные (03,05) вагоны в августе 2010 года переданы в депо Санкт-Петербург-Московское Октябрьской ж.д.

В ноябре 2012 года головные вагоны переданы в депо Санкт-Петербург-Финляндский Октябрьской ж.д.

В феврале 2017 г. вагон 06 (002) передан в депо Крюково.

В январе 2021 года головные вагоны переданы в депо Санкт-Петербург-Балтийский Октябрьской ж.д.

В феврале 2021 г. вагоны 02 (003), 03, 04 (001), 05, 10 (004) переданы в депо Санкт-Петербург-Балтийский

Вагоны 03,05 списаны в декабре 2022 г.

-------
Также существует отдельная секция ЭД4М-0171 01-02, построенная в феврале 2006 года для прохождения сертификационных испытаний.

В период с марта по август 2006 года и с сентября 2006 года по сентябрь 2007 года находилась на территории экспериментального кольца ВНИИЖТ в Щербинке. После испытаний была отправлена на ДМЗ, где по состоянию на начало 2016 года находилась в разукомплектованном виде.

В состав электропоезда данная секция не вошла, а под номером ЭД4М-0171 был построен новый восьмивагонный электропоезд.